Über die musikalische Einordnung der Berliner Band wird viel gestritten, da Die Ärzte musikalisch gesehen sehr experimentierfreudig sind. Was sich eindeutig sagen lässt, ist, dass die Musikrichtung der Ärzte zwischen Punk-Rock und Pop liegt. In der Rückschau wird deutlich, dass die Ärzte musikalisch wie äußerlich neben der "klassischen" Berliner Punk-Szene auch sehr stark vom damaligen Rockabilly-Boom (für den zu jener Zeit vor allem die Stray Cats standen) beeindruckt und beeinflusst wurden.

Der Musikstil der Band wird gekennzeichnet durch sehr simple, einprägsame Melodien und Texte, die zwischen (durchaus erwünschter) Albernheit und Ironie pendeln. Zahlreiche Lieder zeichnen sich durch gewandten Wortwitz oder infantilen Humor aus. Es gibt aber auch Liedtexte mit ernstem Inhalt, die gerade auf den neueren Alben häufiger geworden sind. So sangen Die Ärzte z. B. auch Balladen und Liebeslieder, die meistens aus der Feder von Farin Urlaub stammen, wobei viele (z. B. „Zu spät“, „Komm zurück“,„Nichts in der Welt“) vom Ende einer Beziehung handeln.

Einige Lieder der Ärzte stellen auch Hommagen an musikalische Vorbilder dar; so ist das Lied „Am Ende meines Körpers“ (auf Le Frisur) eine eindeutige Nachahmung des Liedes „Astronomy Domine“ von Pink Floyd. Das Stück „Leichenhalle“ erinnert sehr an den Stil von The Sisters of Mercy. Rods Gesang im Stück „Anti-Zombie“ erinnert nicht zufällig an den Gesang von Glenn Danzig. Auf dem Ramones-Tribut-Sampler „Todos Somos Ramones (A Hommage)“ sind Die Ärzte mit „Die Wiking-Jugend hat mein Mädchen entführt“ (Coverversion von „The KKK Took My Baby Away“) vertreten. Auch das Ärzte-Lied „Mein Baby war beim Frisör“ erinnert stark an das genannte Ramones-Lied. Farin erklärte zudem, dass die Beatles maßgeblich Einfluss auf seine musikalische Entwicklung hatten und ihn auch beim Schreiben seiner Lieder inspirierten.

Auch mit der Zensur wussten sie humorvoll umzugehen. Das Lied „Bitte bitte“ aus dem Album „Das ist nicht die ganze Wahrheit…“ sollte 1988 eine musikalische Aufarbeitung der Indizierung darstellen. Später schrieben Die Ärzte „Ein Lied über Zensur“ und arbeiteten das Thema weiter auf. Live umgehen Die Ärzte das Verbot, die Stücke zu spielen – damals wie heute –, indem sie die Musik spielen und die Fans dazu singen lassen – zumindest bei „Geschwisterliebe“, das in Hamburg 1988 live mit dem Gesang der Fans aufgezeichnet und als Bonus-Single „Der Ritt auf dem Schmetterling“ dem Live-Album „Nach uns die Sintflut“ in der ersten Auflage beigelegt wurde, damit nicht das ganze Album wegen des Titels indiziert werden konnte.